1. W skład Kierownictwa Instytutu wchodzą:

1. Dyrektor (D)
2. Zastępca Dyrektora ds. Naukowych (DN)
3. Zastępca Dyrektora ds. Administracyjno-Technicznych (DT)
4. Główny Księgowy (GK)

2. Sekretarz Naukowy (SN) podlega bezpośrednio Dyrektorowi.

3. Jednostkami organizacyjnymi Instytutu są:

Jednostki organizacyjne prowadzące działalność naukowo-badawczą (zakłady):

1. Zakład Bezpieczeństwa i Analizy Chemicznej Żywności (ZA);
2. Zakład Biotechnologii (ZB);
3. Zakład Cukrownictwa (ZC);
4. Zakład Technologii Fermentacji (ZF);
5. Zakład Technologii Gorzelnictwa i Odnawialnych Źródeł Energii (ZG);
6. Zakład Chłodnictwa i Jakości Żywności (ZJ);
7. Zakład Koncentratów Spożywczych i Produktów Skrobiowych (ZK);
8. Zakład Mikrobiologii (ZM);
9. Zakład Technologii Mięsa i Tłuszczu (ZMT);
10. Zakład Technologii Przetworów Owocowych i Warzywnych (ZO);
11. Zakład Technologii Piwa i Słodu (ZP);
12. Zakład Przetwórstwa Zbóż i Piekarstwa (ZZ);
13. Zakład Biotechnologii Mleka (BM).

Działy pomocnicze:

1. Dział Administracyjno-Techniczny (DA);
2. Dział Koordynacji Badań, Informacji Naukowej i Marketingu (DI);
3. Dział Finansowo-Księgowy (DK);
4. Dział Płac i Spraw Pracowniczych (DS);
5. Dział Zamówień Publicznych i Zaopatrzenia (DZ);
6. Dział Współpracy Gospodarczej i Rozwoju (GR)
7. Dział Jakości (DJ);
8. Dział Informatyki (IT).

Szkoła Doktorska (SD).

Samodzielne Stanowiska:

1. Stanowisko ds. Współpracy z Ośrodkami Doradztwa Rolniczego i Przemysłem (ODR);
2. Stanowisko ds. Bezpieczeństwa i Higieny Pracy (BHP);
3. Pełnomocnik ds. Ochrony Informacji Niejawnych (OIN);
4. Inspektor Ochrony Danych (IOD);
5. Stanowisko ds. komercjalizacji wyników badań oraz zarządzania własnością intelektualną (KI);
6. Rzecznik ds. komunikacji medialnej i społecznej (RM).

4. Stałe zespoły badawcze i sekcje wspomagające: pracownie, laboratoria, grupy problemowe, stacje doświadczalne, sekcje administracyjne oraz Kolekcja Kultur Drobnoustrojów Przemysłowych działają w ramach jednostek organizacyjnych prowadzących działalność naukowo-badawczą według właściwości merytorycznej:

4.1. w Zakładzie Biotechnologii (ZB):

• Pracownia Inżynierii Genetycznej;
• Pracownia Genomiki Funkcjonalnej;
• Laboratorium Hodowli Komórkowych in vitro;

4.2. w Zakładzie Technologii Fermentacji (ZF):

• Grupa Problemowa ds. Technologii Biopreparatów Pochodzenia Bakteryjnego (GB);
• Grupa Problemowa ds. Technologii Drożdży i Preparatów Pochodzenia Drożdżowego (GD);
• Grupa Problemowa ds. Technologii Wyrobów Spirytusowych (GS);

4.3. w Zakładzie Technologii Gorzelnictwa i Odnawialnych Źródeł Energii (ZG):

• Pracownia Analiz Gorzelniczych i Drożdży (PA);
• Pracownia Technologii Spirytusu i OZE (PT);

4.4. w Zakładzie Chłodnictwa i Jakości Żywności (ZJ):

• Pracownia Chłodnictwa i Ochrony Środowiska (PT);
• Pracownia Technologii i Przechowalnictwa Żywności (PCh);
• Sekcja Techniczna i Produkcji Doświadczalnej (SD);
• Sekcja Administracyjna (SA);
• Pracownia Mikrobiologii (PM);
• Pracownia Analiz Fizykochemicznych i Sensorycznych (PF);
• Pracownia Analiz Instrumentalnych (PI);
• Stanowisko ds. Jakości (JJ);

4.5. w Zakładzie Koncentratów Spożywczych i Produktów Skrobiowych (ZK):

• Pracownia Koncentratów Spożywczych (PK);
• Pracownia Technologii Skrobi (PS);
• Grupa Problemowa ds. Badań Sensorycznych (GBS);
• Stacja Doświadczalna (SD;)
• Sekcja Administracyjna (SA);
• Stanowisko ds. Jakości (JK);

4.6. w Zakładzie Mikrobiologii (ZM):

• Kolekcja Kultur Drobnoustrojów Przemysłowych – Centrum Zasobów Mikrobiologicznych (KKP);
• Pracownia Badania Jakości Mikrobiologicznej (PBJM);
• Pracownia Biologii Molekularnej (PBM);

4.7. w Zakładzie Technologii Mięsa i Tłuszczu (ZMT):

• Pracownia Przetwórstwa Mięsa (PM);
• Pracownia Badania Żywności i Środowiska (PBŻiŚ) a w jej ramach:
  • Zespół ds. Analiz Instrumentalnych (ZI).
  • Zespół ds. Analiz Fizykochemicznych (ZCH).
• Pracownia Przetwórstwa Tłuszczów (PT);
• Pracownia Badania Surowców i Produkcji Rzeźnianej (PS);
• Międzyzakładowa Pracownia Zamienników Białek Pochodzenia Zwierzęcego (PZB);
• Sekcja Administracyjna (SA);
• Stanowisko ds. Jakości (JMT);

4.8 w Zakładzie Technologii Przetworów Owocowych i Warzywnych (ZO):

• Pracownia Badania Jakości Fizykochemicznej i Sensorycznej (PBJFS);
• Pracownia Technologiczna (PT);