Dyrektor (DG)
Zastępca Dyrektora ds. Naukowych (DN)
Zastępca Dyrektora ds. Strategii i Rozwoju (DR)
Zastępca Dyrektora ds. Administracyjno-Technicznych (DT)
Sekretarz Naukowy (SN)
Jednostką organizacyjną realizującą zorganizowaną formę kształcenia doktorantów jest Szkoła Doktorska.
Jednostki organizacyjne prowadzące działalność naukowo-badawczą:
- Zakład Bezpieczeństwa i Analizy Chemicznej Żywności (ZA)
- Zakład Biotechnologii (ZB)
- Zakład Cukrownictwa (ZC)
- Zakład Technologii Fermentacji (ZF)
- Zakład Technologii Gorzelnictwa i Odnawialnych Źródeł Energii (ZG)
- Zakład Jakości Żywności (ZJ)
- Zakład Koncentratów Spożywczych i Produktów Skrobiowych (ZK)
- Zakład Mikrobiologii (ZM)
- Zakład Technologii Mięsa i Tłuszczu (ZMT)
- Zakład Technologii Przetworów Owocowych i Warzywnych (ZO)
- Zakład Technologii i Techniki Chłodnictwa (ZT)
- Zakład Przetwórstwa Zbóż i Piekarstwa (ZZ)
- Międzyzakładowa Grupa Problemowa ds. Mleczarstwa (GM)
- Międzyzakładowa Grupa ds. Prawa Paszowego i Żywnościowego (GP)
Działy pomocnicze:
- Dział Administracyjno-Techniczny (DA)
- Dział Koordynacji Badań, Informacji Naukowej i Marketingu (DI)
- Dział Finansowo-Księgowy (DK)
- Dział Płac i Spraw Pracowniczych (DS)
- Dział Zamówień Publicznych (ZP)
- Dział ds. Współpracy Gospodarczej i Rozwoju (GR)
Samodzielne Stanowiska:
- Główny Księgowy (GK)
- Stanowisko ds. Jakości (KJ)
- Stanowisko ds. Współpracy z Ośrodkami Doradztwa Rolniczego i Przemysłem (ODR)
- Stanowisko ds. Bezpieczeństwa i Higieny Pracy (BHP)
- Pełnomocnik ds. Ochrony Informacji Niejawnych (OIN)
Inspektor Ochrony Danych (IOD)
- Stanowisko ds. komercjalizacji wyników badań oraz zarządzania własnością intelektualną (KI)
- Rzecznik ds. komunikacji medialnej i społecznej (RM)
Dyrektor Instytutu może powołać zakładowe / międzyzakładowe zespoły do realizacji określonych projektów / tematów badawczych / zadań, w drodze odrębnego zarządzenia.
W ramach jednostek organizacyjnych Instytutu działają następujące zespoły badawcze i sekcje wspomagające:
- Zakład Bezpieczeństwa i Analizy Chemicznej Żywności (ZA)
- Zakład Biotechnologii (ZB)
- Pracownia Inżynierii Genetycznej
- Pracownia Genomiki Funkcjonalnej
- Laboratorium Hodowli Komórkowych in vitro
- Zakład Cukrownictwa (ZC)
- Zakład Technologii Fermentacji (ZF):
- Grupa Problemowa ds. Technologii Biopreparatów Pochodzenia Bakteryjnego (GB)
- Grupa Problemowa ds. Technologii Drożdży i Preparatów Pochodzenia Drożdżowego (GD)
- Grupa Problemowa ds. Technologii Wyrobów Spirytusowych (GS)
- Zakład Technologii Gorzelnictwa i Odnawialnych Źródeł Energii (ZG):
- Pracownia Analiz Gorzelniczych i Drożdży (PA)
- Pracownia Technologii Spirytusu i OZE (PT)
- Zakład Jakości Żywności (ZJ):
- Pracownia Mikrobiologii (PM)
- Pracownia Analiz Fizykochemicznych i Sensorycznych (PF)
- Pracownia Analiz Instrumentalnych (PI)
- Stanowisko ds. Jakości (JJ)
- Zakład Koncentratów Spożywczych i Produktów Skrobiowych (ZK):
- Pracownia Koncentratów Spożywczych (PK)
- Pracownia Technologii Skrobi (PS)
- Grupa Problemowa ds. Badań Sensorycznych (GBS)
- Stacja Doświadczalna (SD)
- Sekcja Administracyjna (SA)
- Stanowisko ds. Jakości (JK)
- Zakład Mikrobiologii (ZM):
- Kolekcja Kultur Drobnoustrojów Przemysłowych – Centrum Zasobów Mikrobiologicznych (KKP)
- Pracownia Badania Jakości Mikrobiologicznej (PBJM)
- Pracownia Biotechnologii i Inżynierii Molekularnej (PBM)
- Zakład Technologii Mięsa i Tłuszczu (ZMT):
- Pracownia Przetwórstwa Mięsa (PM)
- Pracownia Badania Żywności i Środowiska ( PBŻiŚ)
- Zespół ds. Analiz Instrumentalnych (ZI)
- Zespół ds. Analiz Fizykochemicznych (ZCH)
- Pracownia Przetwórstwa Tłuszczów (PT)
- Pracownia Badania Surowców i Produkcji Rzeźnianej (PS)
- Międzyzakładowa Pracownia Zamienników Białek Pochodzenia Zwierzęcego (PZB)
- Sekcja Administracyjna (SA)
- Stanowisko ds. Jakości (JMT)
- Zakład Technologii Przetworów Owocowych i Warzywnych (ZO):
- Pracownia Badania Jakości Fizykochemicznej i Sensorycznej (PBJFS)
- Pracownia Technologiczna (PT)
- Pracownia Piwa i Słodu (PPS)
- Zakład Technologii i Techniki Chłodnictwa (ZT):
- Pracownia Chłodnictwa i Ochrony Środowiska (PT)
- Pracownia Technologii i Przechowalnictwa Żywności (PCh)
- Sekcja Techniczna i Produkcji Doświadczalnej (SD)
- Sekcja Administracyjna (SA)